一、PCR的基本原理
聚合酶鏈反應(polymerasechainreaction，PCR)PCR反應過程與細胞內的DNA復制相似，但PCR的反應體系要簡單的多，主要包括DNA靶序列、引物、4種單核苷酸dNTP、耐熱DNA聚合酶以及合適的緩沖液體系。
PCR反應過程有以下3個步驟：
1、變性
將反應體系混合物加熱到94℃，維持較短時間(大約15s-30s)，使目標DNA雙螺旋的氫鍵斷裂，形成單鏈DNA作為反應模板。
2、退火
將反應體系冷卻至特定的溫度(引物的TM值左右或以下)，引物與DNA模板的互補區(qū)結合，形成模板引物復合物。
3、延伸
將反應體系的溫度提高到72℃并維持一段時間，引物在耐熱聚合酶的作用下，以引物為固定起點，以4種單核苷酸(dNTP)作為底物合成新的DNA鏈。
以上三步作為一個循環(huán)重復的進行，每一循環(huán)的產物作為下一循環(huán)的模板。如此循環(huán)數(shù)十次，從而使目的基因得到指數(shù)級擴增，達到檢測或獲取基因的目的。
二、PCR儀的分類
根據(jù)DNA擴增的目的和檢測的標準可以將PCR儀分為：普通PCR儀，梯度PCR儀，原位PCR，實時熒光定量PCR儀等幾類。
2.1普通PCR儀
一般把一次PCR擴增只能運行一個特定退火溫度的PCR儀，稱之為普通PCR儀。
如果要用它做不同的退火溫度則需要多次運行。主要是用作簡單的，對目的基因退火溫度的擴增。
主要應用于科研、教學、臨床醫(yī)學、檢驗、檢疫等。
2.2梯度PCR儀
一次性PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件(通常12種溫度梯度)的稱之為梯度PCR儀。
因為被擴增的不同的DNA段其適合的退火溫度不同，通過設置一系列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性PCR擴增就可以篩選出表達量高的適合退火溫度進行有效的擴增。主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增，這樣既節(jié)約時間，也節(jié)約經費。
在不設置梯度的情況下亦可當做普通的PCR用。真正的梯度，是每一排管都有準確的加熱控溫探頭。
梯度PCR儀多應用于科研、教學機構。
2.3原位PCR儀
有些品牌的PCR儀具有普通PCR、梯度PCR、原位PCR的功能，通過替換模塊進行多用途開展實驗工作。是用于從細胞內靶DNA的定位分析的細胞內基因擴增儀。如病原基因在細胞的位置或目的基因在細胞內的作用位置等?？杀３旨毎蚪M織的完整性，使PCR反應體系滲透到組織和細胞中，在細胞的靶DNA所在的位置進行基因擴增。
不但可以檢測到靶DNA，還能標出靶序列在細胞內的位置。于分子和細胞水平上研究疾病的發(fā)病機理和臨床過程及病理的轉變有著重大的實用價值。
2.4實時熒光定量PCR儀(fluorescencerquantitivepolymerasechainreaction,FQPCR)
在普通PCR儀設計基礎上增加熒光信號激發(fā)和采集系統(tǒng)和計算機分析處理系統(tǒng)，形成了具有熒光定量PCR功能的儀器。
其PCR擴增原理和普通PCR擴增原理相同，在PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過熒光信號采集系統(tǒng)實時采集信號連接輸送到計算機分析處理系統(tǒng)，得出量化的實時結果輸出。
熒光定量PCR儀有單通道，雙通道和多通道之分。當只用一種熒光探針標記的時候，選用單通道；有多種熒光標記的時候使用多通道。單通道也可以檢測多熒光的標記和目的基因表達產物，因為一次只能檢測一種目的基因的擴增量，需多次擴增才能檢測完不同的目的基因片段的量。多通道利于做多重PCR，實現(xiàn)一次檢測多種目的基因的功能。
實時熒光定量PCR儀主要應用于臨床醫(yī)學檢測、生物醫(yī)藥研發(fā)、食品行業(yè)、科研院校等。
實時熒光定量PCR儀+實時熒光定量試劑+通用電腦+自動分析軟件，構成PCR-DNA/RNA實時熒光定量檢測系統(tǒng)。
實時熒光定量PCR的優(yōu)勢：
熒光定量PCR儀比普通的PCR儀多了熒光信號采集系統(tǒng)和計算機分析處理系統(tǒng)，實時熒光定量PCR儀主要是用來定量分析和確定基因轉錄水平的，而普通的PCR儀是做定性分析和擴增基因片段，定量PCR儀可以做普通PCR儀的工作，但是成本太高。
樣品到達域值水平所經歷的循環(huán)數(shù)稱為Ct值(限制點的循環(huán)數(shù))。域值應設定在使指數(shù)期的擴增效率為大，這樣可以獲得準確，可重復性的數(shù)據(jù)。如果同時擴增的還有標有相應濃度的標準品，線性回歸分析將產生一條標準曲線，可以用來計算未知樣品的濃度。
熒光定量PCR儀特點：
1.特異性強：引物和探針的“雙保險”，避免檢測的假陽性。
2.靈敏度高：分析PCR產物的對數(shù)期，自動化儀器收集熒光信號，避免了許多人為因素干擾。
3.避免污染：全封閉反應，無須PCR后處理。
4.實現(xiàn)定量：運用標準品獲得標準曲線，結合Ct值進行準確定量。
5.高效低耗：可實現(xiàn)一管多檢。
6.操作簡便：在線式實時監(jiān)測擴增結果，不必接觸有害物質。
7.快速：反應時間<1.5小時。
三、PCR常見問題匯總
1.無擴增條帶
(1)酶失活或在反應體系中未加入酶。TaqDNA聚合酶因保存或運輸不
當而失活，往往通過更換新酶或用另一來源的酶以獲得滿意的結果。
(2)模板含有雜質。特別是對甲醛固定及石蠟包埋的組織常含甲酸，
造成DNA脫嘌呤而影響PCR的結果。
(3)變性溫度是否準確：PCR儀指示溫度與實際溫度是否相符，過高酶
在前幾個循環(huán)就迅速失活；過低則模板變性不*。
(4)反應系統(tǒng)中污染了蛋白酶及核酸酶，應在未加Taq酶以前，將反應
體系95℃加熱5-10分鐘。
(5)引物變質失效。人工合成的引物是否正確。是否純化，或因儲存
條件不當而失活。
(6)引物錯誤。利用BLAST檢查引物特異性或重新設計引物。
(7)DNA凝膠電泳時加入陽性對照，確保不是DNA凝膠和PCR程序的問
題。
2.PCR產物量過少
(1)退火溫度不合適。以2度為梯度設計梯度PCR反應優(yōu)化退火溫
度。
(2)DNA模板量太少。增加DNA模板量。
(3)PCR循環(huán)數(shù)不足。增加反應循環(huán)數(shù)。
(4)引物量不足。增加體系中引物含量。
(5)延伸時間太短。以1kb/分鐘的原則設置延伸時間。
(6)變性時間過長。變性時間過長會導致DNA聚合酶失活。
(7)DNA模板中存在抑制劑。確保DNA模板干凈
3.擴增產物在凝膠中涂布或成片狀條帶彌散
(1)酶量過高。減少酶量；酶的質量差，調換另一來源的酶。
(2)dNTP濃度過高。減少dNTP的濃度。
(3)MgCl2濃度過高?？蛇m當降低其用量。
(4)模板量過多。質粒DNA的用量應<50ng，而基因組DNA則應
<200ng。
(5)引物濃度不夠優(yōu)化。對引物進行梯度稀釋重復PCR反應。
(6)循環(huán)次數(shù)過多；增加模板量減少循環(huán)次數(shù)至30，縮短退火時間及
延伸時間，或改用二種溫度的PCR循環(huán)。
(7)退火溫度過低。
(8)電泳體系有問題：
①凝膠中緩沖液和電泳緩沖液濃度相差太大；
?、谀z沒有凝固好；
?、郗傊琴|量差。
(9)若為PCR試劑盒則可能：
?、儆捎谶\輸儲存不當引起試劑盒失效；
?、谠噭┖斜旧碣|量有問題，如引物選擇、循環(huán)參數(shù)等選擇不當。
(10)降解的陳舊模板擴增也易產生涂布。
4.擴增產物出現(xiàn)多條帶(雜帶)
(1)引物用量偏大，引物的特異性不高。應調換引物或降低引物的使
用量。
(2)循環(huán)的次數(shù)過多。適當增加模板的量，減少循環(huán)次數(shù)。
(3)酶的用量偏高或酶的質量不好，應降低酶量或調換另一來源的
酶。
(4)退火溫度偏低，退火及延伸時間偏長。應提高退火溫度，減少變
性與延伸時間，也可采用二種溫度的PCR擴增。以2度為梯度設計梯度
PCR反應優(yōu)化退火溫度。
(5)樣品處理不當。
(6)Mg2+濃度偏高，因適當調整Mg2+使用濃度。
(7)若為PCR試劑盒，也可能時試劑盒本身質量有問題。
(8)復制提前終止。使用非熱啟動的聚合酶時常有發(fā)生。冰上準備
反應體系或采用熱啟動聚合酶。
(9)反應緩沖液未*融化或未充分混勻。確保反應緩沖液融化完
全并*混勻。
(10)引物特異性差。利用BLAST檢查引物特異性或重新設計引物。
(11)引物量過多。減少反應體系中引物的用量。
(12)模板量過多。質粒DNA的用量應<50ng，而基因組DNA則應
<200ng。
(13)外源DNA污染。確保操作的潔凈。
5.陰性對照出現(xiàn)條帶
試劑，槍頭，工作臺污染。使用全新的試劑和槍頭，對工作臺進行清
潔。
6.條帶大小與理論不符
1)污染。使用全新的試劑和槍頭，對工作臺進行清潔。
2)模板或引物使用錯誤。更換引物和模板。
3)基因亞型。對研究的基因進行序列分析和BLAST研究。
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